Скачиваем последнюю версию squid'a
wget http://www.squid-cache.org/Versions/v2/2.6/squid-2.6.STABLE12.tar.bz2

Распаковываем архив
bzip2 -d squid-2.6.STABLE12.tar.bz2
tar -xf squid-2.6.STABLE12.tar

Переходим в распаковынный каталог
cd squid-2.6.STABLE12

Читаем как нам всё это установить
cat INSTALL

Устанавливаем
./configure --prefix=/usr/local/squid
Далее под root'ом выполняем
make all install

Переходим к настройке
cd /usr/local/squid/etc/

Редактируем конфигурационный файл -- squid.conf. Рекомендрую выставить cледующее: http_port host:port. Здесь мы указываем ip адрес для прокси и порт. По умолчанию слушает все адреса и порт 3128.
Ищем строку # http_access deny all и заменяем её на
http_access allow all

Далее пробуем запустить
/usr/local/squid/sbin/squid
и параллельно просматриваем лог (tail -f /var/log/messages), чтобы узнать, почему прокся не работает.
У меня ругался на отсутствие файлов для логов:
cd /usr/local/squid/var/logs
touch store.log
touch rcsquid.log
touch cache.log
touch access.log

А потом на отсутствие прав, сделал так, как он просил(или так, как я его понял): chown nobody:nobody -R /usr/local/squid/

Запускаем с флагом -z (Ключ -z отдает сквиду команду сгенерировать структуру кэша адекватно параметру cache_dir в конфигурационном файле. )
/usr/local/squid/sbin/squid -z
А теперь запускаем окончательно:
/usr/local/squid/squid

Всё, можете юзать, прокся должна уже работать, все дальнйшие дествия зависят от вас самих.
Настройки самые минимальные, с которыми прокси уже должен уметь работать. Можете по своему усмотрению уже проставлять различные парамеры.

Не забывайте просматривать логи.

Очень неплохой анализатор логов squid – lightsquid. Написан на Perl, логи обрабатывает очень быстро.
P.S.: Немного поменял под себя оформление(выложил в аттаче).

Прозрачное проксирование в Linux.
Меняем конфиг прокси, был:
http_port 192.168.1.138:3434
Стал:
http_port 192.168.1.138:3434 transparent
Это заставляет работать прокси в прозрачном режиме.
Чтобы завернуть VPN юзеров, например, через данную проксю по дефолту, делаем так:
-A PREROUTING -s 192.168.51.0/255.255.255.0 -p tcp -m tcp --dport 80 -j REDIRECT --to-ports 3434
192.168.51.0/24 – адреса, выдаваемые VPN юзерам. все обращения на 80 порт принудительно заворачиваются на проксю.